あらゆる記憶を失って、病院で目覚めた主人公、小河原両兵。
名前すら忘れてしまった彼は、
回復させる手掛かりを求めて京都の町へたどり着き、
アンヘルと名乗る組織の少女たちに歓迎される。

ストレートに好意を寄せてくる津崎青葉。
彼を京都へ呼び寄せたがどこか遠慮がちな柊赤緒。
一人だけ敵意をむき出しにする三宮金枝。

流されるまま始まってしまった彼女たちとの共同生活。
破天荒な彼女たちに振り回されながら両兵は
この生活も悪くないかと考えていたが、
鋼鉄の巨人、人機の存在がすべてをひっくり返してしまう――